Sí, Sauron sabía de la existencia de Aragorn. Por ello, la madre de Aragorn lo ocultó en Rivendel y lo llamó Estel (como podemos leer en los Apéndices de ESDLA). El nombre de Aragorn no se lo revelan hasta su mayoría de edad. El llamarlo Estel no tenía otra finalidad que la de ocultarle su existencia a Sauron porque de haberla sabido, seguramente, lo habría matado de niño. Creo yo.
Un saludo a todos.